Les sources historiques sont rares, mais l'exhumation occasionnelle de vestiges gallo-romains semble attester que le site de Cuncy est un lieu de peuplement ancien. Le nom de Cuncy, comme celui de bien d'autres villes et bourgades, proviendrait de Quintiacum (Cunciacum, Cunciae), nom qui lui aurait été donné lors de la conquête romaine.
Au Moyen Age, à partir du XIIe siècle en particulier, monastères et abbayes s'installent et essaiment dans la région, protégés par des seigneurs, princes de l'Eglise ou aristocrates. Il semblerait qu'au IXe siècle, l'église de Cuncy dépendait de Saint Révérien, «fille de Cluny». En 1075 cependant, Cuncy est érigée en paroisse par l'évêque d'Auxerre Geoffroy de Champallement. La première église de Cuncy datait donc probablement du XIe siècle (style roman), et a subi de nombreuses transformations. L'église actuelle date du XVIe siècle, reconstruite vraisemblablement sur l'ancienne, détruite par un incendie. L'abbaye de Crisenon, à Oudan, et l'abbaye de Bourras sont toutes deux dotées sur Cuncy. Pour l'abbaye de Crisenon, une grange dimière est construite à Vertenay, hameau de Cuncy (l'abbesse négocie la dîme avec le chapitre de Varzy). Des frères convers résident au bourg de Vertenay - hameau aujourd'hui disparu et où ne subsiste qu'un lavoir récemment restauré. L'abbaye de Bourras est présente à Vesvres et à la Grange Rouge. Chêne au Franc, hameau de Cuncy, appartenait aux religieuses du Réconfort. Chêne au Franc est vendu à la Révolution (22 décembre 1790). Des noms de lieux, encore usités aujourd'hui ( la Fontaine au Moine, par exemple), rappellent le fort peuplement ecclésiastique de l'époque. Aujourd'hui, si Cuncy-lès-Varzy s'enorgueillit encore d'une belle église gothique, les communautés monastiques ont depuis longtemps disparu et le dernier curé résident a quitté Cuncy voici quelques décennies déjà. Le presbytère, de construction relativement récente (1827), est devenu la salle communale mais conserve sur le linteau de la porte d'entrée l'inscription gravée dans la pierre «Domus mea domus orationis».
Les bois ont une importance économique assez considérable au Moyen Age et la région demeure très boisée malgré les déboisements (les dessartages) imposés par une population en augmentation et la nécessité de conquérir des terres sur la forêt. Du XIIIe au XVe siècle, l'augmentation de la population est telle que le curé Cuncy fait réévaluer par deux fois la compensation que lui versent les chanoines de Varzy. Au XVe siècle et jusqu'au XVIIIe siècle, les terres, les prés, les vignes que possède l'abbaye de Crisenon sont baillés à rente à des communautés constituées (familles ou familles agrandies), parfois sur plusieurs générations. Parallèlement, les seigneurs font aussi exploiter leurs terres : le fief de Vesvres, où le seigneur réside jusqu'à ce que le domaine soit vendu à la fin du XVIIe siècle; le fief de Villiers-le-Sec dont le dernier seigneur De Meung dit de la Ferté possédait un «château» (vraisemblablement un relais de chasse) à Cuncy. Cette «demeure seigneuriale» a été vendue à la révolution et existe encore de nos jours, mais «n'offre rien de remarquable» (A. Marlière, in Clamecy et ses environs, 1860, réédition de 1992). Monsieur de la Ferté , Seigneur de Villiers-le-Sec, émigra pendant la Révolution. On le retrouve Intendant de Louis XVIII à Saint-Pétersbourg. Il revient en France et meurt en 1815.
Plusieurs documents font référence aux difficultés économiques des paysans suite à l'augmentation incessante des dîmes, résultat notamment des guerres de religion (qu'il faut financer) et des soubresauts qui caractérisent la fin du règne de Louis XIII. L'abbaye de Bourras, qui avait des terres sur Cuncy, est occupée vers 1570. Vers 1640, des révoltes éclatent en protestation contre les réquisitions imposées par les troupes stationnées sur le territoire. Certains désertent les hameaux et vont se réfugier dans les bois.
A la révolution de 1789, les biens seigneuriaux sont vendus, l'église de Cuncy devient elle aussi le Temple de la Raison. Le curé de l'époque, Jean Roy, obéit aux prescriptions de la nouvelle République, offre le presbytère de l'époque pour y loger l'instituteur et le Comité de Surveillance et quitte Cuncy pour vivre maritalement avec la citoyenne Jeanne Courdavaut, sa «gouvernante», dûment nanti d'un «passeport» attestant qu'il s'est «bien comporté en franc et loyal républicain dont il a donné continuellement des preuves non équivoques»… Tous à l'époque déclarent allégeance à la République une et indivisible, mais acclament bientôt avec la même ferveur le Consulat, l'Empire, la Restauration …
En 1809, Cuncy reçoit en placement huit prisonniers de guerre autrichiens, en 1810 un prisonnier espagnol; certains s'évadent. En 1816, ordre est donné de couper et vendre «l'Arbre de la Liberté », signe honni du gouvernement de la Révolution. Cette même année, une vente de bois finance l'achat d'une maison presbytérale, et de «linge et ornements pour la sacristie». Cuncy compte alors 700 habitants.
En 1835, la mairie est construite (jusqu'alors, la mairie était solidaire du maire et s'établissait donc où résidait le maire). L'école communale et le logement de l'instituteur font partie du même bâtiment. Un lavoir couvert est construit en 1836. En 1844, ordre est donné par le préfet de déplacer le cimetière jusque-là situé autour de l'église, et de l'établir «à cinquante mètres au moins du bourg». La même année, la cloche de l'église, fêlée, est refondue, et le conseil municipal vote l'achat d'une seconde cloche (l'église en compte trois aujourd'hui). En 1848, construction d'une citerne dans le haut du pays. En 1879, projet de construction d'une école à Mhers, sur l'emplacement de l'ancienne huilerie et ouverture d'une école de filles à Cuncy: la commune comptait à l'évidence plus d'enfants qu'aujourd'hui ! En un siècle, la population décroît considérablement : si en 1860 on comptait encore 660 habitants répartis en 179 habitations (dont 87 sont couvertes en chaume), il reste 200 habitants en 1968 et 150 aujourd'hui.
(texte : Pierre-François PIRLOT)